分子量排阻层析（ＳＥＣ）又称凝胶过滤层析，它根据分子量大小来分离分子。凝胶基质由特定大小孔隙的球形小珠组成不同分子量的分子从孔中排阻通过，发生分离。小分子进入孔内，会延滞它们通过层析柱，而大分子避开孔，洗脱入层析柱外水体积。因此，样品根据分子量大小进行分离，并依照分子量递减顺序洗脱。

依据层析目的和所需的分辨率来选择操作条件和介质。分子量排阻层析中一种常规的方法为基团分离，包括：

脱盐－目标分子洗脱出来，而小分子保留在凝胶孔内。为了获得理想的分离，基质的分子量排阻限度应比目标分子小。

分级分离-一定分子量范围的分子在凝胶基质内分离。使用这种方法时，目标分子应当在凝胶的分级分离范围以内。

分子量排阻层析常规应用包括蛋白分级分离及分子量确定、核酸分离、质粒纯化和多糖分级分离。

层析分辨率取决于颗粒大小，孔径大小、流速、层析柱尺寸和样品体积。通常，低流速（2-10cm/hr）、细长柱、小颗粒凝胶、小样品体积（总床体积的1-5%）、2倍的分子量差异以及相同的溶液粘度，可以获得分辨率。如果用于脱盐，様品体积则可达总床体积的30-40%，并可使用短粗柱。

凝胶过滤填料：