净化水质

随着水产养殖业的发展，水产养殖单位产量大幅度提高，但水质污染严重，特别是饲养后期，水中有机物、氨及亚硝酸盐含量偏高，严重影响了鱼的生长。光合菌施入水体后，它可降解水体中的残存饲料、鱼类的粪便及其它有机物；同时，还能吸收利用水体中的氨、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质。施用光合菌，能有效避免固体有机物和有害物质的积累，起到净化水质的作用。

在水产养殖中运用的光合菌主要是光能异养型红螺菌科(Rhodospirillaceae)中的一些品种，例如沼泽红假单胞菌(Rhodop seudanonas palustris)；

在自然界淡、海水中通常每毫升含有近百个PSB菌，光合菌的菌体以有机酸、氨基酸、氨和醣类等有机物和硫化氢作为供氧体，通过光合磷酸化获得能量，在水中光照条件下可直接利用降解有机质和硫化氢并使自身得以增殖，同时净化了水体。

饲料添加剂

光合菌是一种营养丰富、营养价值高的细菌，菌体含有丰富的氨基酸、、b族维生素，尤其是12和含量较高，还有生理活性物质辅酶Q。光合菌的体积为小球藻的二十分之一，特别适合作为刚孵出仔鱼的开口饵料。使用光合菌作为开口饵料，可大幅度提高鱼苗成活率。光合菌还可作为饲料添加剂添加在饲料中，光合菌所含的酶类，可以促进鱼类对饲料的消化吸收，提高饲料利用率，降低饵料系数，同时还可显著提高鱼的生长速度。