全自动自清洗过滤器由壳体、多元滤芯、反冲洗机构、电控箱、减速机、电动阀门和差压控制器等部分组成。壳体内的横隔板将其内腔分为上、下两腔，上腔内配有多个过滤芯，这样充分利用了过滤空间，显著缩小了过滤器体积，下腔内安装有反冲洗吸盘。

工作时，浊液经入口进入过滤器下腔，又经隔板孔进入滤芯的内腔，大于过滤芯缝隙的杂质被截留，净液穿过缝隙到达上腔，从出口送出。含杂质的水由入口进入自清洗过滤器，先流经粗滤网进行粗过滤，然后进入细滤网内腔进行细过滤，过滤后的净水由出口流出。

过滤出来的杂质吸附在细滤网上，并因此形成了滤网内外表面的压差。当压差达到设定值时，压力传感器传送信号给控制器，控制器打开排污阀从排污口排出，结果使得水力马达腔和杂质收集器和室的压力下降，从而产生了类似于真空清洗原理的负压抽吸，滤网表面的杂质随着反冲洗水通过集污器和水力马达排到污水腔，经过排污孔排出。

自清洗过滤器排水使水力马达和杂物收集器旋转，以使整个滤网得以冲洗。大尺寸的过滤器还带有驱动缸以控制杂质收集器的纵向移动，并防止其移动过快，使整个滤网能被喷嘴冲洗。整个反冲洗过程自动控制，只需数秒，在自清洗过程中不会造成主水流的中断。