1.防尘：保持显微镜的清洁，定期用柔软的布或镜头纸擦拭光学部件，避免使用化学清洁剂或强烈的溶剂。此外，镜筒要插上接目镜或盖上镣苗盖，避免灰尘从镜筒上部进入。
2.防潮：存放显微镜时，应选择干燥的房间，并远离湿源。显微镜箱内应放置硅胶作为干燥剂，确保防潮。同时，仪器的安放应选择干燥清洁的房间，以避免光学部件发霉、金属部分生锈以及粘满灰尘。
3.防腐蚀：显微镜不能和具有腐蚀性的化学试剂放在一起，如硫酸、盐酸、强碱等，以防被腐蚀。在观察含液体的标本时，一般都要盖上盖玻片，若液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质时，应把盖玻片的四周用石蜡或凡士林封住，然后观察。
4.光学系统擦拭：平时对显微镜的各光学部分，如目镜和物镜，应定期用干净的布或镜头纸擦拭。如果镜片上有难以去除的污物、油渍或手指印，可以使用专用的清洁剂或镜头纸进行清洁。但需要注意的是，物镜因结构复杂，在拆卸和清洁时应特别小心，避免损坏。
5.机械系统维护保养：对于显微镜的机械部分，如滑动部位和塑料表面，可以定期涂抹一些中性润滑脂来保持润滑，防止生锈和磨损。对于顽固的污迹，可以使用软性的清洁剂来清洗，但避免使用有机溶剂，以免损坏机械和油漆。
6.定期使用和维护：为了保持显微镜的性能，应定期使用并进行维护。长时间不使用的显微镜，应将其光学部分卸下并放置在干燥器中，以防受潮生霉。此外，所有镜头均经校正，不能擅自拆开。
7.操作注意事项：调焦时注意不要使物镜碰到试样，以免划伤物镜。当载物台垫片圆孔中心的位置远离物镜中心位置时不要切换物镜，以免划伤物镜。金相显微镜亮度调整切忌忽大忽小，也不要过亮，影响灯泡的使用寿命，同时也有损视力。所有功能切换动作要轻，要到位。关机时要将亮度调到最小。非专业人员不要调整照明系统(灯丝位置灯)，以免影响成像质量。更换卤素灯时要注意高温，以免灼伤；注意不要用手直接接触卤素灯的玻璃体。关机不使用时，将物镜通过调焦机构调整到低状态。
