药物研发流程包含靶点验证、候选化合物活性筛选、药理机制研究、制剂安全性评价等多个阶段，蛋白表达水平检测是贯穿各阶段的基础实验手段，全自动蛋白印迹系统依靠稳定标准化的自动化流程，适配药物研发多环节的批量蛋白样本分析需求。
在药物靶点初步验证阶段，研发人员需要对比给药组、空白对照组、阴性对照组细胞或组织样本内目标蛋白表达差异，以此判断化合物是否对靶点蛋白产生调控作用。单次实验往往需要处理数十份组织裂解样本，人工WB操作难以保证所有样本孵育条件统一，自动化系统可同步完成多批次印迹膜孵育，各组样本封闭、抗体结合环境保持一致，减少操作变量对蛋白条带信号的干扰，便于客观对比各组蛋白表达变化趋势。
候选药物化合物活性筛选环节，会设置梯度药物浓度、梯度给药时长的多组别样本，需要大量重复蛋白检测实验记录蛋白表达动态变化。全自动系统可预设多套适配不同给药样本的运行程序，设备自动完成换液、恒温孵育工作，研发人员可同步开展细胞给药、蛋白提取等前处理实验，分流实验操作压力，加快化合物活性数据收集速度。
药物作用机制研究阶段，除目标靶点蛋白外，还需要检测上下游通路相关蛋白，一张印迹膜可同步检测多种蛋白指标，设备均匀液体循环模式能够降低非特异性结合带来的背景杂带，让低表达水平通路蛋白条带清晰可辨，辅助研究人员梳理药物作用的分子传导通路。整套实验流程参数自动记录留存，在药物申报资料整理阶段，可完整提供蛋白检测实验过程记录，支撑实验方法学数据归档。
药物安全性与毒理评价试验中，会采集不同给药周期动物脏器组织样本，长期、多批次开展蛋白表达检测，判断药物是否引发脏器蛋白异常表达。自动化设备稳定的重复运行能力，可持续承接连续多日的批量样本检测，统一的实验条件让不同批次动物样本的数据具备横向对比价值，为药物毒理评估提供连续、稳定的蛋白检测数据支撑。
制剂稳定性、给药方式对比等配套研究工作中，也会频繁使用蛋白免疫印迹检测样本蛋白完整性，
全自动蛋白印迹系统标准化操作流程能够降低不同实验人员操作手法带来的数据偏差，让不同研发人员产出的蛋白检测结果具备对比参考价值，适配药物研发多部门、多人员协同开展实验的工作模式。
