倒置荧光显微镜由荧光附件与倒置显微镜有机结合构成的，主要用于细胞等活体组织的荧光、相差观察。是为了适应生物学、医学等领域中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微观察。由于这些活体被检物体均放置在培养皿（或培养瓶）中，这样就要求倒置显微镜的物镜和聚光镜的工作距离很长，能直接对培养皿中的被检物体进行显微观察和研究。因此，物镜、聚光镜和光源的位置都颠倒过来，故称为"倒置显微镜"。
倒置荧光显微镜是近代发展起来的新式荧光显微镜，特点是激发光从物镜向下落射到标本表面，即用同一物镜作为照明聚光器和收集荧光的物镜。光路中需加上一个双色束分离器，它与光铀呈45°角，激发光被反射到物镜中，并聚集在样品上，样品所产生的荧光以及由物镜透镜表面、盖玻片表面反射的激发光同时进入物镜，反回到双色束分离器，使激发光和荧光分开，残余激发光再被阻断滤片吸收。
倒置荧光显微镜有图像输出系统，可将传统的光学显微镜与电脑计算机(数码相机)通过专业的工业相机连接，可以在目镜筒上进行直接观察，还能在电脑计算机(数码相机)等显示设备实时进行观察，可以方便的将观察画面及动态视频进行保存和打印。
其摄影技术对于记录荧光图像十分必要，由于荧光很易褪色减弱，要即时摄影记录结果。方法与普通显微摄影技术基本相同，只是需要采用高速感光胶片即可。因紫外光对荧光猝灭作用大，如FITC的标记物，在紫外光下照射30s，荧光亮度降低50%。所以，曝光速度太慢，就不能将荧光图像拍摄下来。
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