在发酵工业中为达到既高产又丰收的目的，必须具备高水平的发酵产物后处理技术和设备。寻求经济适用的分离纯化技术，已成为发酵工程领域的热点。

分离纯化技术的研发有两个方向：一是结合其他学科的发展开发新的分离纯化技术；二是对现有的分离纯化技术进行重新硏发，从其他角度对现有的分离纯化技术进行利用。

目前国外在发酵工程后提取工艺上已大规模应用的新型分离纯化技术，如双水相萃取、新型电泳分离、大规模制备色谱、膜分离（微滤、超滤等）连续结晶技术等。这些新型技术的开发与应用，减少了后提取工艺的操作费用，提高了后提取工艺的产品收率，大大降低了生产成本。

如何将这些新型分离纯化技术有效地应用于发酵工业生产过程，如何提高现有产品的收率、降低产品的生产成本是今后硏究的重要课题。

另外，将发酵过程与产物的分离相偶联，解除发酵产物对菌体生长和代谢的抑制，既能提高发酵水平，又有利于产物的分离总之，现在菌种的选育不仅能利用现代化科技进行高效的常规选育，而且已经应用基因工程等生物技术将外来基因引入微生物细胞内，使微生物细胞按照人类的需要合成某些产品；发酵条件控制也在积极探索，按照微生物生理和代谢特性及产物的合成途径进行调控；在工程方面，不仅设计了多种类型的发酵设备，以满足各类微生物和各种产品的生产，同时随着电子计算机的应用，各种敏感的测试元件的出现，发酵工程工业已经广泛应用微机控制进行发酵生产；对发酵数学模型的硏究，也将进步促使发酵工程工业朝着模拟化、自动化、化方向发展。

因此，发酵工程工业已经发展成为规模庞大的现代化工业，现在的发酵工程工业与过去相比，具有范围更广、技术更复杂、要求更高等特点。