阴离子聚丙烯酰胺和阳离子聚丙烯酰胺都是属于PAM中的一种类型，都具有高分子有机聚合物性质。这两者在污水处理中多作为絮凝剂使用，但其作用基理及作用效果都会有所区别。在不同行业或特征的废水处理中的要求及作用效果不同，这也是为什么使用聚丙烯酰胺时需要进行选型的主要原因。
首先阳离子聚丙烯酰胺中的阳离子度是通过电荷密度来衡量，阴离子聚丙烯酰胺非离子叫水解度。离子度有不同的计算方法。离子度高，在阳离子絮凝剂中一般是指添加的阳离子单体多，阳离子单体很昂贵，所以，离子度往往和成本密切相关。电荷中和后再利用聚丙烯酰胺本身的分子链来形成大的絮团。 这个是污水絮凝剂的基本原理。
对于悬浮颗粒，较粗、浓度高、粒子带阳电荷，水PH值为中性或碱性的污水，由于阳离子聚丙烯酰胺分子链中含有一定量级性基能吸附水中悬浮的固体粒子，使粒子间架桥形成大的絮凝物。因此它加速悬浮液中的粒子的沉降，有非常明显的加快溶液的澄清，促进过滤等效果。该产品广泛用于化学工业废水、废液的处理，市政污水处理。自来水工业、高浊度水的净化、沉清、洗煤、选矿、冶金、钢铁工业、锌、铝加工业、电子工业等水处理。
阳离子聚丙烯酰胺在酸性或碱性介质中均呈现阳电性，它通常会比阴离子聚丙烯酰胺或非离子型聚丙烯酰胺分子量低，其澄洁污水的性能主要是通过电荷中和作用而获得。这类絮凝剂的功能主要是絮凝带负的电荷，具有除浊、脱色功能。
在酒精厂、味精厂、制糖厂、肉制品厂、饮料厂、印染厂的等废水处理中用阳离子聚丙烯酰胺要比用阴离子聚丙烯酰胺聚丙烯酰胺多得多，非离子聚丙烯酰胺或无机盐效果要高数倍或数十倍，因为这类废水普遍带有阴电荷。
