液体剪切压力：

通过将样品从高压腔转入到低压腔时产生的快速压力落差来破碎细胞

优点：破碎快速有效,适合大体积细胞破碎

缺点：可导致样品温度升高（操作时需要冷却系统）

超声

通过高频率的超声波破碎细胞粉碎

优点：操作简单

缺点：可导致样品温度升高,其很难通过冷却系统降温,剪切力有可能导致蛋白质受损,噪音较大,破碎量较小

玻璃珠磨碎

用玻璃珠的搅动来磨碎细胞

优点：对于很难破碎的细胞（如酵母）非常有用

缺点：有些慢且有噪音

渗透压

从高渗透压转向低渗透压介质

优点：操作简便,花费低廉

缺点：仅用于外壁较脆弱的细胞（如动物细胞）

反复冻融

通过反复形成冰晶破碎细胞；通常结合酶法裂解下细胞

优点：操作简便,花费低廉,产生大量细胞膜碎片

缺点：慢,也许会损伤敏感蛋白质或者破坏蛋白质和细胞膜的相互作用,产量低

酶法裂解

常和其他技术一同使用,如反复冻融或渗透压破碎法；是破碎细菌细胞壁的酶

优点：温和,可产生较大的细胞膜碎片

缺点：慢,产量低