生物发酵工程是指采用现代工程技术手段，利用微生物的某些特定功能，为人类生产有用的产品，或直接把微生物应用于工业生产过程的一种新技术。发酵工程的内容包括菌种的选育、培养基的配制、灭菌、扩大培养和接种、发酵过程和产品的分离提纯等方面。
1.液体悬浮状态是很多微生物的最适生长环境。
2.在液体中，菌体及营养物、产物（包括热量）易于扩散，使发酵可在均质或拟均质条件下进行，便于控制，易于扩大生产规模。
3.液体输送方便，易于机械化操作。
4.厂房面积小，生产效率高，易进行自动化控制，产品质量稳定。
5.产品易于提取、精制等。因而液体深层发酵在发酵工业中被广泛应用。
生物发酵工程进行发酵的过程是怎样的？
1.发酵产物:
发酵产物主要在菌体生长的稳定期产生。
2.发酵进程
在发酵过程中随时取样检测培养液中细菌数目、产物浓度以了解发酵进程，及时添加必需的培养基成分来延长菌体生长稳定期的时间，以得到更多的发酵产物。
3.发酵条件
发酵生产中温度、pH、溶氧量等对发酵过程有重大影响。
6、分离提纯
发酵产物不同，分离提纯的方法会有所不同，产物分离、提纯的一般方法是:代谢产物:蒸馏、萃取、离子交换等方法。菌体本身:过滤、沉淀。
