半自动多肽合成仪在一定程度上能够满足各种多肽开发和筛选需求，但也存在一些局限性。
1.合成能力
对于大多数常规的多肽序列，半自动多肽合成仪可以按照设定的程序准确地进行氨基酸的偶联反应。它能够合成长度在一定范围内的多肽，例如从几个氨基酸残基到数十个氨基酸残基的多肽。在多肽药物研发初期，这种合成能力可以满足对不同序列多肽的探索需求。
可以通过调整合成参数，如反应时间、温度、溶剂组成等，来优化合成过程，提高多肽的合成质量和纯度。这对于开发具有特定结构和功能的多肽是非常重要的，比如在研究酶抑制剂多肽时，需要精确控制合成条件以获得高活性的多肽产物。
2.灵活性
半自动多肽合成仪允许研究人员根据具体的实验设计更换不同的氨基酸原料。这使得能够方便地合成含有各种特殊氨基酸（如荧光标记氨基酸、非天然氨基酸等）的多肽，用于多肽的修饰和功能化研究。例如，在开发用于生物成像的多肽探针时，可以将带有荧光基团的氨基酸整合到多肽链中。
能够相对容易地改变合成规模。在多肽筛选阶段，可以先合成小量的各种多肽序列用于初步活性筛选，然后根据筛选结果放大合成有潜力的多肽，这种灵活性有助于高效地进行多肽的开发和筛选。
3.成本效益
与全自动多肽合成仪相比，多肽合成仪价格相对较低，运行成本也较为可控。对于一些小型的实验室或者处于起步阶段的多肽研发项目，半自动仪器可以在满足基本合成和筛选需求的同时，节省资金。而且它的维护成本通常也不高，不需要像全自动仪器那样复杂的维护程序和高昂的维修费用。
4.实验教学和小规模研究
在教学环境中，多肽合成仪是一个很好的工具。学生可以通过手动操作部分步骤，更好地理解多肽合成的原理和过程。对于一些小规模的研究项目，如高校实验室或小型生物科技公司的前期研究，它可以满足对多肽合成和筛选的基本要求，帮助研究人员探索新的多肽结构和功能。
