一、按来源可以分为：
1.天然染色剂：主要是苏木素，胭脂红，地衣红，番红花。
2.合成染色剂：是从煤焦油中提取的苯衍生物。在生物染色中还使用一些无机化合物，如，氯化金，磺，锇酸，等。
二、按主要用途分为：
1.胞核染色剂：苏木素，胭脂红，甲苯胺蓝，美蓝，孔雀绿等。
2.胞浆染色剂：伊红，淡绿，橘黄G,酸性品红等。
3.脂质染色剂：苏丹Ⅲ，苏丹Ⅳ，苏丹黑，硫酸尼罗蓝及油红等。
三、按染色剂分子中的发色团可分为九类：
1.亚硝基类：发色团为亚硝基(-NO)如萘酚缘-B。
2.硝基染料：发色团是硝基(-NO2)。
3.偶氮类：发色团为偶氮基(-N=N-)属于这一类的染色剂的橘黄G,刚果红,俾士麦棕和许多苏丹类的脂质染色剂。
4.醌亚胺类：这类染料含有两个发色团，一个是印胺基(-N=)，一个是醌型苯环，如硫堇，美蓝，甲苯胺蓝O,硫酸尼罗蓝,中性红,碱性藏红花O，焦油紫等。
5.苯甲烷染料：发色团是醌型苯环，如孔雀缘，浅绿，碱性品红，酸性品红，结晶紫，甲基缘等。
6.山叮染料：发色团是醌型苯环，如派罗宁，伊红Y等。
7.蒽醌染料：此类染色剂含有色原蒽醌，如茜素和胭脂虫酸。
8.噻唑类。
9.喹啉类。
8，9类染色剂使用极少。
