气相色谱柱使用中如操作不规范，会出现污染、泄漏、分辨率低、固定相流失、出现鬼峰、重现性差、色谱柱断裂等风险。
在安装色谱柱之前，必需对一下几个方面进行检查，以确保色谱柱得到准确的分析结果，并延长使用寿命。
载气净化——对于气相分析，使用纯净、无氧的载气是非常重要的。一方面在较高温度下，气相柱易于氧化，特别是具有极性的；另一方面会导致分析结果的偏差和不确定性。一般建议应该在分析中使用脱水脱氧净化器。同样，对所有火焰离子化检测器(FID)中的空气及尾吹气管路，建议应该采用净化器，电子捕获检测器(ECD)的尾吹气管路要设置水份捕集器，上述气体的污染都会引起基线噪声。
进样口检查——进样口通常是易受污染的部位，衬套的洁净和良好惰性对于色谱柱性能有着十分重要的作用。在安装色谱柱之前，请仔细检查上述衬套是否有样品残留物及隔垫和密封圈的颗粒物。
另外，衬套还必须进行脱活处理，以减少对敏感化合物的吸附与分解。隔垫处可能是另一个污染和泄漏源，用久的隔垫往往会“去心”或在中心处可能出现孔洞而造成泄漏，请注意经常更换隔垫，应该选用耐高温和低流失的隔垫，对于国产进样垫，建议在使用前置于色谱仪炉膛中300度老化一晚后再使用，这可以避免色谱柱使用过程中因为进样的流失而导致鬼峰。
检测器的检查——必须确认检测器处于良好的工作状态，尤其是FID，请经常清洗火焰喷嘴。检查检测器的气体流速，不适当的载气流速都会降低灵敏度和柱效。
